<th id="ckdlc"></th>

      1. <button id="ckdlc"></button>

        蛋白質組學

        北京青蓮百奧生物科技有限公司

        領跑智慧多組學,助力科研新發現


        服務咨詢熱線

        010-53395839

        蛋白質組學,糖基化蛋白質組學,多組學聯合分析
        您當前的位置 : 首 頁 > 新聞動態 > 行業資訊

        「青蓮聚焦」轉錄組+蛋白組聯合分析高分文章集錦來啦!

        2021-09-29 00:00:00



        由于轉錄后調控以及翻譯后調控的存在,mRNA的表達水平并不能代表蛋白的表達水平,事實上研究表明兩者通常較好的相關性也只有約50%左右。因此更多的研究者期望通過兩者聯合分析得到更全面的生命信息。

        小編給大家整理了幾篇高分文獻,看看轉錄組+蛋白組聯合分析都有哪些套路可循~

        圖片


        研究方向

        多組學圖譜構建 


        01

        案例一:Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome
        發表期刊:CellIF=42.778)    
        發表時間:2020.03
        技術手段:轉錄組、蛋白質組、磷酸化蛋白質組

        研究內容:研究者對擬南芥的30種組織進行非標蛋白質組、磷酸化修飾組以及轉錄組的定量分析,結果提供了有多少基因以蛋白質的形式存在(超過18000),它們在哪里表達,數量(超過6個數量級的動態范圍)以及它們的磷酸化程度(超過43000個位點)。作者舉例說明如何使用這些數據,例如發現從短的開放閱讀框翻譯的蛋白質,以揭示參與蛋白質生產調控的序列基序,并識別組織特異性蛋白質復合物或磷酸化介導的信號事件。

        1:組織圖譜及多組學數據集



        研究方向

        神經生理及退行性疾病 


        01

        案例一:Proteomic and transcriptomic profiling reveal different aspects of aging in the kidney

        發表期刊:eLifeIF=7.08)    

        發表時間:2021.03

        技術手段:轉錄組、蛋白質組

        研究內容:我們對衰老過程中腎臟發生的分子變化知之甚少。為了更好地了解這些變化,作者檢測了不同年齡小鼠腎組織的mRNA和蛋白質水平。觀察到mRNA和蛋白質表達水平隨年齡而發生顯著變化,mRNA和蛋白質的變化都與免疫浸潤增加和線粒體功能下降有關。蛋白質顯示出更大程度的變化,并揭示了一系列生物過程中的變化,包括腎臟衰老的獨特的器官特異性特征。最重要的是,作者觀察到在mRNA沒有相應變化的情況下蛋白質發生了功能上重要的與年齡相關的變化。研究結果表明,單獨的mRNA分析提供的腎臟分子衰老特征不完整并且檢測蛋白質的變化對于了解不受轉錄調控的衰老過程至關重要。

        2:舉例mRNA和蛋白質之間與年齡相關的變化相反的基因


        02

        案例二:Identification of evolutionarily conserved gene networks mediating neurodegenerative dementia

        發表期刊:Nature medicineIF=36.13    

        發表時間:2018.12

        技術手段:全轉錄組、蛋白質組

        研究內容:額顳葉癡呆 (FTD) 是一種高度遺傳且常見的老年性癡呆病。確定遺傳風險導致癡呆的機制是新治療發展的必要條件。作者應用多階段的系統生物學方法來闡明額顳葉癡呆的疾病機制,鑒定了與疾病相關的兩個基因共表達模塊,且這些基因同時保留于 MAPT、GRN 和其他不同遺傳背景下的癡呆癥突變的小鼠中。通過整合來自人類大腦的蛋白質組學和轉錄組學數據來彌合物種鴻溝,以確定進化上保守的疾病相關的基因網絡。研究確立miR-203為神經退行性病變的調節因子。使用藥物介導的基因表達變化的數據庫,確定了可以使疾病相關模塊正?;⑼ㄟ^實驗驗證的小分子。

        3:FTD樣本中的轉錄組學和蛋白質組學分析


        03

        案例三:Phosphorylation of the HP1βhinge region sequesters KAP1 in heterochromatin and promotes the exit from naive pluripotency

        發表期刊:Nucleic Acids ResearchIF=11.501

        發表時間:2021.07

        技術手段:轉錄組、蛋白質組、泛素化修飾蛋白組學

        研究內容:異染色質結合蛋白 HP1β在染色質組織和細胞分化中起重要作用,但其潛在機制尚不清楚。作者構建了HP1β-/-突變胚胎干細胞,并觀察到異染色質聚集減少和分化受損。干細胞分化過程中,HP1β在絲氨酸89處被CK2磷酸化,轉錄組學結果驗證HP1β S89A促進胚胎干細胞原始多能態的退出。利用IP-MS鑒定得到互作蛋白KAP1,泛素化修飾組學表明KAP1通過對異染色質調節因子和轉錄因子的泛素化來調節多能性。

        4:神經細胞分化需要HP1β的參與


        研究方向

        疾病機理研究 


        01

        案例一:INPP4B promotes PI3Kα-dependent late endosome formation and Wnt/β-catenin signaling in breast cancer

        發表期刊:Nature communicationsIF=12.121

        發表時間:2021.05

        技術手段:轉錄組、蛋白質組、免疫沉淀質譜(IP-MS)

        研究內容:INPP4B通過將 PI(3,4)P2 轉化為 PI(3)P 來抑制 PI3K/AKT 信號傳導,并且INPP4B失活在三陰性乳腺癌中很常見。矛盾的是,INPP4B也是其他癌癥中被報道的致癌基因。這些相反的INPP4B角色如何與PI3K調控相關尚不清楚。作者報道了PIK3CA突變的ER+乳腺癌表現出INPP4BmRNA和蛋白表達上升,盡管抑制AKT激活但INPP4B 增加了PIK3CA突變的ER+乳腺癌細胞的增殖和生長。作者利用蛋白質組學、轉錄組學和細胞成像的綜合方法,闡明了INPP4B促進晚期核內體和溶酶體的形成以及物質運輸,并激活PIK3CA突變ER+乳腺癌患者的Wnt/β-catenin信號通路。

        5:INPP4B促進晚期核內體上PI(3,4) P2PI(3)P的轉換


        02

        案例二:Type V Collagen in Scar Tissue Regulates the Size of Scar after Heart Injury

        發表期刊:CellIF=38.637    

        發表時間:2020.08

        技術手段:轉錄組、蛋白質組、單細胞測序

        研究內容:心肌梗死患者的瘢痕組織大小是心血管預后的獨立預測指標,但對調節瘢痕大小的因素知之甚少。作者通過對小鼠缺血性心肌損傷模型的心臟瘢痕組織及正常心臟組織的轉錄組和蛋白組分析發現,V型膠原蛋白是創傷后心臟功能的關鍵驅動因素。結果表明V型膠原蛋白缺乏改變了疤痕組織的機械性能,改變基質和細胞之間的相互反饋如誘導機械敏感性整合素的表達,從而驅動成纖維細胞激活并增加了瘢痕的大小。Cilengitide肽(一種特異性整合素抑制劑)能挽救缺乏V型膠原蛋白缺失小鼠損傷后瘢痕形成增加的表型。這些觀察結果表明,V型膠原蛋白以整合素依賴的方式調節瘢痕大小。

        6:蛋白質組學進一步確認了一群膠原蛋白的高表達


        研究方向

        植物機制調控 


        01

        案例一:The Second Site Modifier, Sympathy for the ligule,Encodes a Homolog of Arabidopsis ENHANCED DISEASE RESISTANCE4 and Rescues the Liguleless narrow Maize Mutant

        發表期刊:Plant CellIF=9.618    

        發表時間:2019.06

        技術手段:轉錄組、磷酸化蛋白組

        研究內容:Liguleless narrow-R (Lgn-R) 是一個能引起植物發育缺陷的突變體,因為突變消除了受體樣激酶Lgn的活性,引發下游信號網絡變化,導致發育缺陷。作者通過構建近等基因系、數量性狀基因座 (QTL)及序列分析等,確定了SolLgn-R的調控作用及其定位,綜合轉錄組學和磷酸蛋白質組學分析發現Lgn能夠通過磷酸化介導的免疫級聯信號網絡最終抑制免疫反應,Lgn還可以通過獨立的信號網絡促進葉子發育。Lgn-R中發現的發育缺陷表型可能是由Lgn-R突變體中受影響的特定發育途徑引起的。

        7:轉錄組和磷酸化組學聯合進行機制研究


        02

        案例二:Autophagy Plays Prominent Roles in Amino Acid, Nucleotide,and Carbohydrate Metabolism during Fixed-Carbon Starvation in Maize

        發表期刊:Plant CellIF=9.618   

        發表時間:2020.07

        技術手段:轉錄組、蛋白質組、代謝組

        研究內容:蛋白質、脂質、核酸、碳水化合物和細胞器的自噬循環對于細胞穩態至關重要,尤其是在營養限制條件下。為了更好地理解這種周轉是如何影響植物在營養脅迫下的生長、發育和生存的,作者結合多組學方法來研究經黑暗誘導的固定碳饑餓的玉米自噬突變體。通過結合蛋白質組學和轉錄組學分析確定了許多自噬反應蛋白,揭示了支持碳脅迫過程中各種代謝變化的過程以及潛在的自噬貨物??偠灾?,在沒有自噬的情況下,固定碳饑餓會調整呼吸底物的選擇從而改變氨基酸、核苷酸和碳水化合物等代謝過程。

        8atg12突變引起的玉米蛋白質豐度變化

        青蓮百奧可提供一站式蛋白質組學、代謝組學、轉錄組學、多組學聯合分析等科研服務。青蓮百奧在質譜檢測方面項目經驗豐富,擁有國際一流的質譜平臺,海歸坐鎮專業生信分析團隊,助您在科研道路上乘風破浪,沖擊高水平文章。更多技術服務敬請來電咨詢:010-53395839。

        最近瀏覽:

        北京青蓮百奧生物科技有限公司

        固話:010-53395839
        郵箱:service@qinglianbio.com
        地址:北京市海淀區永豐產業基地綠海大廈C座301


        掃一掃,關注我們
        三上悠亚在线精品二区,亚洲国产成人一区二区三区,玖玖爱视频国产精品视频,日本人禽杂交狂配,亚洲精品韩国专区在线观看